Ahí, entre los mapuches, en un primer acercamiento con el que Bartolomé sólo pretendía averiguar la antigüedad de unos petroglifos, cambió su vocación (inicialmente se matriculó en Arqueología en la Universidad de Buenos Aires) y se decantó por la antropología. Los visitó durante una semana, luego por seis meses y terminó pasando un año con ellos.
Miguel Bartolomé entraba en esa dinámica, en conversaciones alrededor de la fogata, en la caza de una presa, en la eliminación de una amenaza en forma de una boa venenosa. Lo hizo entre ayoreos y guaraníes de Paraguay, y fue Avá-Ñembiará, un chamán guaraní, quien le introdujo en los secretos de la selva como lo ha relatado en su libro Librar el camino.
Miguel Bartolomé y su esposa, la antropóloga Alicia Barabas Reyna, decidieron trasladarse a México; los animó una invitación hecha por Arturo Warman (a través de la mediación del también antropólogo Scott Robinson Studebaker) para trabajar en la Universidad Iberoamericana, y después se desempeñaron en la Escuela Nacional de Antropología e Historia del INAH.
El título del libro más reciente entregado a prensa y que escribió con su esposa Alicia Barabas: Viviendo la interculturalidad. Ambos trabajan en torno a una línea de investigación que intenta dar respuesta a aspectos concretos de la situación intercultural de Oaxaca, exponer cómo son los sistemas políticos nativos o cuáles son las relaciones generales.
Miguel Bartolomé también ha participado en el Proyecto Etnografía de las Regiones Indígenas en el Nuevo Milenio, iniciativa única en América Latina que el INAH inició en 1999, en la que trabajó durante una década como coordinador de las líneas de trabajo: Relaciones interétnicas e identidades indígenas, y Chamanismo y nahualismo, ésta última junto con su esposa.