El Dr. Borja Aburto cuenta con una amplia trayectoria laboral y profesional, además de ser Médico Cirujano por la Universidad Autónoma Metropolitana, campus Xochimilco, cuenta con dos maestrías: en Ciencias en Epidemiología por el Instituto Nacional de Salud Pública, y en Salud Pública por la Escuela de Salud Pública de México, y con un Doctorado en Epidemiología por la University of North Carolina at Chapel Hill realizado en 1995.
De 2013 a 2014 fue Titular de la Unidad de Salud Pública en el Instituto Mexicano del Seguro Social. Posteriormente se desempeño como Titular de la Unidad de Atención Primaria a la Salud. Actualmente es Director de Prestaciones Médicas del IMSS.
Miembro de la Academia Nacional de Medicina de México y del Consejo Nacional de Salud Pública. Ha publicado 112 artículos científicos y capítulos de libros en revistas nacionales e internacionales.
Ha sido Profesor invitado de cursos en el ámbito de la epidemiología a nivel nacional e internacional y asesor de tesis de maestría y doctorado del INSP, CINVESTAV y la UNAM. Miembro del Sistema Nacional de Investigadores (Nivel III).
Entre sus principales reconocimientos destaca la Medalla al Mérito Sanitario otorgada por la Sociedad Mexicana de Salud Pública en 2016.
Desde 2018 está al frente de la Dirección de Prestaciones Médicas del Instituto Mexicano del Seguro Social.